Windows HPC Server 2008 R2が、かなり使いやすくなっているということで、実際に導入してみました。
MPIやSOAベースのアプリを作る以前に、単純な大規模データバッチ処理をやらせたい、というライトユース向けのツールが標準で備わっています。

Matlabで並列クラスタ処理を行わせたい場合、真っ先に思いつくのはMatlab Compilerにてコンパイルしたバイナリを単純に使う方法ですが、1)Compilerは高くて買えない場合、2)Compileでは使えないフィーチャーを使いたい場合、3)コンパイルが面倒な場合は、インタプリタのプログラムをそのまま使いたいはず。

Matlabには起動オプションとして -r をつけると、任意のコマンドを呼べますから、コマンドラインベースの自動化が可能です。
ただし、HPC serverから呼び出す場合は、若干工夫が必要でした。
注意事項をまとめると。

・-r オプションにて、コマンドを指定する。コマンドの引数のところに*を入れて、パラメータスィープするなどすれば、引数私もOK。
・当然-nodesktop -noslplash -minimize を用いてGUIの起動を軽くする
・matlabの-waitオプションをON。こうしないと、複数のインスタンスを一度に起動してしまい、都合が悪い。
・matlab側のコマンドはaddpathをして対応。

パラメータスィープでコマンドの1引数のみを変化させればよい場合は、これで十分かもしれません。
ファイル名を変化させたい場合などは、パラメータ番号と、内容をどこかにテーブルとしてもつことになるでしょう。

私の場合、以下のような方法でバッチファイルを組みました。
start /w matlab -wait -nodesktop -nosplash -r addpath('\\hpc\hoge\');%1(%2,'%3');exit; -logfile %4



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